Les milieux boisés recouvrent la majeure partie de la Réserve des Trous de Leu.
La chênaie pédonculée
La Chênaie pédonculée occupe prêt d'un tiers de la surface totale de la Réserve.
Cet habitat, d'intérêt écologique européen, se caractérise par la présence :
- d'arbres : Chêne pédonculé, Frêne, Erable, Charme, Merisier, Tilleul
- d'arbustes : Aubépine, Noisetier, Sureau noir, Cornouiller sanguin
- d'herbacées variées : Benoïte commune, Alliaire officinale, Ortie dioïque, Primevère élevée, ...
La saulaie marécageuse
Le deuxième tiers de la Réserve est recouvert par une Saulaie marécageuse, qui s'étend sur plus de 15 hectares.
Habitat dominé par le Saule cendré, la Laîche des rives et le Peucédan des marais, on y trouve aussi des espèces de mégaphorbiaies (Eupatoire chanvrine, Consoude,...).
