La Cladiaie
Cet habitat reste très ponctuel sur la réserve des Trous de Leu. Il est constitué essentiellement de Marisque mais peut être accompagné d'autres plantes : Consoude, Pigamon jaune, Jonc à fleurs obtuses. Son maintien nécessite une stabilité des niveaux d'eau.
La Mégaphorbiaie eurtrophe et roselière
La Mégaphorbiaie correspond à une formation herbacée humide à hautes herbes, qui peuvent parfois dépasser 1m de hauteur. Elle est caractérisée par la présence de la Baldingère faux-roseau (Phalaris arundinacea), le Phragmite (Phragmites australis), le Liseron des haies (Calystegia sepium) ou encore l'Epilobe hérissé (Epilobium hirsutum).
Cet habitat occupe environ 4% de la réserve.
La Phragmitaie
Cette formation herbacée est dominée par le Roseau commun.
La Tourbière basse alcaline évoluée
Cette communauté végétale est dominée par le Roseau commun et le Jonc à fleurs obtuses. L’Oenanthe de Lachenal (Oenanthe lachenalii), le Peucédan des marais, le Gaillet des marais, le Gaillet aquatique sont présents sur le site et sont typique de cet habitat.